চৈতন্যের অন্তর্ধানের কারণ ও নেপথ্যে বিভিন্ন ঘটনার টানাপোড়েন, স্থান-কাল, অন্তর্ধানের পরে তিনি কোন পথে কোথায় পৌঁছেছিলেন এবং কবে-কোথায়-কিভাবে তাঁর মৃত্যু হয়- এসবই এ গ্রন্থের আলোচ্য বিষয়। দীর্ঘ পাঁচ বছরের পরিশ্রমে লেখক তথ্য, যুক্তি ও বাস্তব সম্ভাবনার নিরিখে এ সম্পর্কে প্রচলিত প্রতিটি অভিমতের চুলচেরা ও নির্মোহ বিশ্লেষণের মাধ্যমে সম্পূর্ণ নতুন কিছু সম্ভাবনার সম্মুখীন হয়েছেন, যা বদলে দিতে পারে প্রচলিত ধারণাগুলিকে। গ্রন্থাগারের গন্ডী ছাড়িয়ে সন্ধানী লেখক ছুটে গেছেন ওড়িশার দুর্গম পাহাড়-জঙ্গলে, চিহ্নিত করার চেষ্টা করেছেন চৈতন্য, স্বরূপ ও গদাধরের সম্ভাব্য গোপন সমাধিস্থল। চৈতন্যের দেহাবশেষ বর্তমানে কোথায় থাকতে পারে সে আভাসও তিনি দিয়েছেন। 'চৈতন্যের শেষ প্রহর' গ্রন্থটি চৈতন্যের অন্তধানকে কেন্দ্র করে রচিত গবেষণাগন্ধী রোমহর্ষক গ্রন্থগুলির থেকে মৌলিকভাবেই আলাদা। এটি আদ্যন্ত একটি গবেষণাগ্রন্থ।